2000年4月25日，阎世铎出任国家体育总局足球运动管理中心主任。
　　2000年7月中旬， 阎世铎被正式任命为中国足协专职副主席。
　　同年10月，在黎巴嫩举行的亚洲杯赛上，中国队最终名列第三名。
　　2001年1月13日，为确保国家队备战世界杯亚洲区预选赛，中国足协宣布取消当年全国甲A、甲B联赛的升降级。
　　2001年6月，在阿根廷举行的20岁以下世界世界青年锦标赛中，中国青年队以出色的表现打进16强，成为当届比赛中表现最出色的亚洲球队。阎世铎当时亲临赛场督战，显示了足协对青年队的关注。
　　2001年9月29日，在全国甲B联赛出现了两场“假球”。中国足协随后取消了涉嫌打假球的长春亚泰队升入甲A的资格，四川绵阳队被勒令降级，五牛11：2战胜绵阳那场比赛被认定为“严重违背体育公平竞争精神”。
　　2001年10月17日，中国国家队在沈阳1-0战胜阿曼队后，从世界杯足球赛亚洲区出线，获得了2002年世界杯赛的参赛资格，实现了中国足球运动的重大突破。
　　2002年6月，首次参加世界杯决赛阶段比赛的中国队在韩国-日本世界杯小组赛中三战皆败，一分未得，一球未进，以小组最后一名被淘汰。
　　2002年12月22日，中国足协宣布，由荷兰人阿里·哈恩出任国家队主教练，接替世界杯后卸任的博拉·米卢蒂诺维奇。
　　2003年1月29日，北京市宣武区人民法院作出一审判决，认定被告人龚建平在担任足球甲级联赛主裁判期间收受他人财物共9笔，累积达人民币37万元，以受贿罪判处其有期徒刑10年。龚建平是在2001年年末那场声势浩大的扫黑风波中，第一位遭到司法制裁的裁判员。翌年7月11日，服刑期间的龚建平死于血癌。
　　2003年，最后一届甲A联赛越来越受到澳门赌庄以及地下赌球的困扰，导致联赛的真实性、可信性日益下降，观众锐减。
　　2004年，中国足球联赛进一步改革，首次推出超级联赛，取代已进行了10年的甲A联赛。原甲B联赛改为甲级联赛。
　　2004年3月至5月，中国奥林匹克队在雅典奥运会预选赛决赛阶段中一败涂地，这支“超白金一代”的球队最终只名列小组第三位，未能获得参加奥运会的资格。
　　2004年7月，中国首次承办亚洲杯足球赛，但中国队在决赛再次负于日本队，未能借助主办国之利，实现首次问鼎亚洲杯的愿望。
　　2004年8月，中国女子足球队在雅典奥运会上遭到惨败，在以0-8负于德国队后，又被墨西哥队1-1逼和，最终在小组中名落孙山，未能进入下一阶段比赛。
　　2004年9月26日中超联赛第12轮，在辽宁中顺队主场1-5负于大连实德队的赛后例性药检中，辽宁队守门员刘建生呈阳性，成为继北京球员张帅后，第二位涉嫌服用违禁药物的足球运动员。此外，还有消息称刘曾参与赌球。
　　2004年10月2日，在全国甲A联赛沈阳金德队主场对北京现代队的比赛中，北京现代队由于不满裁判周伟新的点球判罚，宣布罢赛。中国足协公布对北京现代队处罚决定后，北京现代俱乐部声明反对。以此为导火索，中国足坛引发了轩然大波。中国足球赛场内外一度均陷入秩序极度混乱的状态。
　　2004年11月17日，中国队虽然7-0战胜香港队，但由于在此前曾负于科威特队，未进入预选赛的决赛阶段比赛。主教练阿里·哈恩随即宣布辞职。